Genom 2005 ist ein komplexes, aber dennoch leicht zu bedienendes Programm zur Analyse von Microarray-Genexpressionsexperimenten (Affymetrix bzw. ähnliche Technologien).
Über die Vorgängersoftware "gEn0M" wurden viele Publikationen veröffentlicht. Einige dieser Publikationen haben wir für Sie bereitgestellt.

Funktionsumfang

• Analyse sämtlicher Arrays der Firma Affymetrix (cDNA-Arrays oder ähnliche Technologien sind auf Kundenwunsch integrierbar)
• Normalisierung und Migration der Rohdaten
• Bereitstellung von Zusatzinformationen (offizielle Genbezeichnung und Synonyme, Genbeschreibung, Gensequenz, Chromosomenposition, Funktionsvorhersage, Referenznummern (Gene-Ontology, InterPro, SwissPROT, EMBL, ENSEMBL, LocusLink, OMIM, GeneBank uvm.)
• Analysemethoden (Cluster-Verfahren, Support-Vector-Maschine, statistische Auswertung)
• Einordnung in metabolische und regulatorische Pfade (BioCarta, KEGG, GenMAPP usw.)
• Integrierter Pathwayeditor
• Funktionsvorhersage
• Sequenzanalyse

Dies sieht zunächst wie eine gewöhnliche Exceltabelle aus. Jedoch werden hier automatisch die Farben der Signalwerte angepasst. Dadurch erhält man einen schnellen Überblick über die einzelnen Werte.

Dieses Diagramm zeigt für jedes Probeset einen Balken. Auffällige Regionen werden so, vor allem in einer Vergleichsansicht, schnell sichtbar.

Es kann jedes Signal in einer 3D-Ansicht darstellt werden. Bei Vergleichen mit einem zweiten Array (Differenz bzw. Quotient) können "Ausreißer" schnell erkannt werden. Durch das Sortieren der Ansicht nach Genfunktionen oder chromosomaler Position ist ein weiterer Informationsgewinn gegeben.

Diese Ansicht zeigt Probesets, die nach ihrer chromosomalen Position sortiert sind. Schnell lassen Sich auffällige Regionen erkennen.

Es werden alle Probesets über mehrere Zeitläufe in einem Graphen dargestellt.

Dieser Bildschirmabzug zeigt einen geladenen Pathway mit eingefärbten Genen (Farben korrespondieren mit der Höhe der Signalwerte).

Mit einem integrierten MapEditor können Sie schnell und einfach neue Pathways erstellen und vorhandene anpassen.

Sehr oft fehlen Informationen zu Probesets, beispielsweise biologische und regulatorische Funktionen von ESTs. Mit diesem Modul können Sie mögliche neue Genfunktionen anhand von Sequenzvergleichen ermitteln.

Weitere Details zur Funktionsvorhersage.

PubMED ist die weltweit größte Datenbank mit medizinischen Publikationen. Mit diesem Modul können Sie diese Datenbank nach gewünschten Begriffen oder Genbeziehungen durchsuchen.

MeSH steht für "Medical Subject Headings" und stellt dem Benutzer ein geordnetes Vokabular zur Verfügung, was die Suche in PubMED optimiert.

Abstracts von PubMED, mit den extrahierten Genbeziehungen, werden hier dargestellt.

Dieser Algorithmus erstellt Ihnen eine Tabelle mit allen bekannten Genfunktionen (in dieser Ansicht gefiltert).

Hier sieht man die Genfunktionen gelistet in einem üblichen GeneOntology-Graphen.

Resultat der Suche mit Gen- und Proteinnamen.

Weitere Informationen zum eingegebenen Suchbegriff, wie etwa die Sequenz, Genbeschreibung etc...

Ein weiterer GeneOntology-Graph der Genfunktionen.

In diesem Bild sehen Sie direkte Internetverweise zu weiteren Informationen Ihrer Suche. Im Gegensatz zu anderen Programmen müssen Sie hier keine Formulare der Internetseiten ausfüllen oder Schaltflächen anklicken. Die gewünschten Informationen werden automatisch abgerufen.

Dieser Cluster kann auf einfache Weise erstellt werden. Dieser Bildschirmabzug zeigt die ähnlichsten Probesets auf einer Achse.

Ein Scatterplot zweier Arrays zur Ähnlichkeitsuntersuchung.

Alle Arrays von Affymetrix werden unterstützt. Neue Systeme können auf Anfrage integriert werden.

Unterstützte Array-Typen

                 AG     ATH1-121501         Barley1
          Bsubtilis          Canine         Chicken
           Celegans     DrosGenome1    Drosophila_2
         Ecoli_ASv2           Ecoli        E_coli_2
            HC_g110        HG-Focus      HG-U133A_2
           HG-U133A        HG-U133B  HG-U133_Plus_2
          HG_U95Av2          HuEx-1         HG_U95B
            HG_U95C         HG_U95D         HG_U95E
             Hu6800           Maize        Medicago
          HG_U74Av2       MG_U74Bv2       MG_U74Cv2
            MOE430A         MOE430B     Mouse430A_2
         Mouse430_2       Mu11KsubA       Mu11KsubB
      Nimble-Arrays        Porchine         RAE230A
            RAE230B        Rat230_2         RG_U34A
            RG_U34B         RG_U34C            Rice
             RN_U34          RT_U34         Pae_G1a
Pasmodium_Anopheles      Sugar_Cane         Soybean
           S_aureus          Tomato        U133_X3P
     Vitis_Vinifera  Xenopus_laevis         Yeast_2
             YG_S98       Zebrafish          Bovine
          Hu35KsubB       Hu35KsubC       Hu35KsubD
          Hu35KsubA    HuGeneFlsubA    HuGeneFlsubB
       HuGeneFlsubC    HuGeneFlsubD  HuGeneFl Array
            MG-U74A         MG-U74B         MG-U74C
          Mu19KsubA       Mu19KsubB       Mu19KsubC
         Mu6500subA      Mu6500subB      Mu6500subC
         Mu6500subD           Wheat            ....